膽管癌目前沒有確切病因，膽管癌跟以下因素有關。與膽道感染、結石會有關，病人如果有結石存在反復膽道感染，在感染基礎上，出現上皮細胞惡變。但是臨床只是占很小部分，更多是不明原因高位膽管癌。 高位膽管癌目前發病機制不明確，所有膽管癌都來自于膽管上皮細胞，上皮細胞出現惡性改變，肯定有相關原因，但是相關原因，目前沒有明確找到。所以目前高位膽管癌，除感染因素、結石因素，膽管畸形，膽管囊性變常見原因外，不是非常明確。