男性生殖器以及臍部出現疼痛，常見于以下幾種原因：1、泌尿生殖系炎癥性病變：比如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等，可以表現為生殖器疼痛；2、結石病變：比如輸尿管結石，通常可以向生殖器部位放射，如果膀胱結石排到尿道里，可以引起尿道局部疼痛，有時反映為陰莖疼痛；3、臍尿管發育異常：肚臍在最早生長發育過程中與泌尿系相連，即肚臍與膀胱之間有一根管子相通，稱為臍尿管。如果臍尿管在發育過程中沒有完全閉合，或后來發生感染性病變，患者也可表現為肚臍疼痛。