目前市面上主要有2種乙腦疫苗，分別是減毒乙腦疫苗和滅活乙腦疫苗，這2種各有優點和劣勢。一般認為打減毒乙腦疫苗比較好，可以減少多次打針的痛苦，而且效果更加明顯。對于減毒乙腦疫苗，可能就是單次打疫苗的時候反應會比較明顯，效果也相對比較好，打的次數可以比較少，短期內就容易形成預防的作用。而滅活乙腦疫苗，單次的影響會比較小，反應比較少，因為滅活乙腦疫苗已經相當于一種死的病毒，產生的反應會比較小。但需要打的次數會比較多，要反復打才能產生抗體。所以，對于疫苗的選擇，滅活乙腦疫苗會比這種減毒乙腦疫苗的效果較差，需要打更多次才能產生這種免疫反應，但單次的副作用會比這種減毒乙腦疫苗的副作用小。從長期來看，滅活乙腦疫苗反而增加小孩子多次打針的痛苦。