甲溝炎主要內服藥物是頭孢類或SMZ即磺胺類藥物，其抗甲狀腺抗球狀陽性細菌比較明顯。特別是二代頭孢，抗感染能力較強，但要了解服用的一定劑量。另外，還需要判別是否形成膿腫，一般早期甲溝炎吃藥、外敷酒精或外泡高錳酸鉀，多數可以緩解。但一旦化膿，需要切開膿腫進行換藥，把膿排干凈比吃藥要管用。如果甲溝炎主要是甲床嵌入，需要及早將整個指甲部分，甚至一半拔除，嚴重的甲溝炎要將整個指甲拔除，同樣需要處理指甲，才能使甲溝炎逐步愈合，否則愈合會相對較慢。