嬰兒腦積水通過積極治療通常不會有后遺癥。嬰兒腦還處于發育過程當中，5周歲之前整個腦還會再發育，所以即使在手術治療干預之前腦積水較多、腦發育不良、皮層發育不良，一旦手術將顱壓降下之后，腦還會不斷發育。 手術會有一些風險，但對于嬰兒腦積水的治療而言，比如腦室腹腔分流術是一個極其微創的手術，對腦的損傷較微弱。手術之后一旦發生并發癥或出血、感染，可以通過各種方法治愈。既得益于嬰兒腦發育的良好代償能力，又得益于先進的顯微手術基礎。 所以總體而言，目前嬰兒腦積水的后遺癥較少，預后功能較好，完全可以達到正常人的生活水平。