臉上長痣是由于皮膚中聚集成團的黑色素細胞，產生過多黑色素形成痣。臉上的痣通常指色素細胞痣，又稱為黑素細胞痣。形成原因主要是在先天胚胎發育期間，黑色素細胞從神經嵴向皮膚遷移過程中，受到某些偶然因素干擾，不能正常轉移到表皮的基底層中，而在表真皮交界部位停滯且聚集成團塊或者巢狀，形成色素細胞痣。隨年齡增加、紫外線照射或者內分泌激素改變，均可以影響痣細胞團塊中黑色素細胞，其功能逐漸活化合成黑色素，顏色逐漸加深、變黑，即成為肉眼所見的黑素細胞痣。所以臉上長痣其實是在先天發育期間就已經形成，但可以隨著年齡、時間逐漸的顯露。