宮頸癌疫苗與其它普通疫苗，如乙肝疫苗、流感疫相同，均較安全。但注射疫苗可能會發生不良反應，比如低熱、乏力、頭暈、惡心、皮疹及注射局部可能出現紅腫等癥狀。不良反應發生率較低，大部分患者在24小時以后癥狀均會消失，在3-5天癥狀均可消失。 若宮頸癌疫苗運輸、保存、冷鏈方面不規范，會出現安全問題。此外，并非接種宮頸癌疫苗一定不會出現宮頸癌，接種后仍然建議定期進行宮頸癌篩查。