在輸尿管結石的藥物治療當中，首先應當是解痙和止痛的治療。1、鎮痛藥物：輸尿管結石的主要癥狀是腎絞痛癥狀，此時一般先予以鎮痛藥物。鎮痛藥物的使用，首先是按照三級鎮痛原則，最早使用的是非甾體類的抗炎鎮痛藥物，推薦的是雙氯芬酸鈉，其次可以選擇非嗎啡類的中樞鎮痛藥物，比如曲馬多。第三級的就可以選擇嗎啡類的中樞鎮痛藥物；2、解痙藥物：最常用的就是山莨菪堿，其它的還可以選擇黃體酮、α受體阻滯劑，或者鈣離子拮抗劑；3、中醫藥：在輸尿管結石治療當中也有一定的作用，中醫藥的作用主要是對癥的處理，常用的是尿石通和排石顆粒，現成的方藥有八正散、四逆湯等中藥來進行治療。同時如果能夠明確輸尿管結石的成分，可以根據結石的不同，選擇進行酸化尿液，或者堿化尿液的處理，一般應用的是氯化銨進行酸化尿液，碳酸氫鈉進行堿化尿液，堿化尿液的藥物還可以選擇枸櫞酸氫鉀鈉。