通常蛀牙旁生長膿包是牙根發炎引起，即由慢性根尖周炎引起，也有可能是根尖囊腫繼發感染，導致牙齦瘺管及竇道。治療需先拍X光片明確是否為根尖周炎或根尖囊腫，若是單純根尖周炎，可進行根管治療，將根管疏通、擴大、封藥消炎，同時也可以進行刮治瘺管，通常炎癥控制后，瘺管膿包便會逐漸消失。還有部分難治性根尖周炎，可能需配合顯微鏡下治療，即顯微根管治療術，配合根尖刮治手術等。少數情況下若根尖周炎不易治療，部分患者可能需將病牙拔除，但大部分患者根管治療后效果尚可，膿包會逐漸消失。若是根尖囊腫引起蛀牙旁生長膿包，即有根尖囊腫發生，除牙齒做根管治療外，可能需觀察一段時間，若膿包不消或牙根尖陰影不消，可能還需做手術，比如翻瓣術、將囊腫刮除，磨除部分牙根。總體而言，此病治療方式還是較規范，技術也較成熟。