巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種類型。子宮內膜如果異位于卵巢上，每個月月經來潮時，卵巢上的內膜即可出血，時間長后囊腫會越來越大，也會變成陳舊性出血，呈巧克力顏色樣的暗黑色，且較為黏稠，醫學上稱之為巧克力囊腫。絕大部分巧克力囊腫為良性病變，巧克力囊腫若大于4cm，則會通過手術干預將囊腫清除。巧克力囊腫可能生長在雙側卵巢，或者于卵巢上出現多個巧克力囊腫，因此需要將其清理干凈。 同時手術以后，仍需要通過藥物防止復發，因為此類囊腫非常容易出現復發，而應用藥物則能夠防止再次復發。一般巧克力囊腫是良性的病變，但對于年齡比較偏大的女性，如果長期患有巧克力囊腫，且囊腫于短期內生長較大的情況之下，少部分會存在巧克力囊腫發生惡變的可能性。此時可以檢測卵巢癌抗原CA12-5，若指標異常增高，則需要警惕巧克力囊腫惡變的可能性。