陰道鏡活檢，一般在行陰道鏡同時進行。陰道鏡醫生在行陰道鏡時，會通過醋酸染色或碘染色方法，觀測宮頸或陰道區域有無病變。若觀測到典型或懷疑病變部位，一般通過活檢鉗，在病變最明顯地方取樣。大多數患者可以耐受取樣造成疼痛，且取樣較快，基本在幾秒鐘內，即可完成1個部位取樣。一般會取4-6個點，要根據病變范圍大小，以及嚴重程度決定。若病變范圍較小，只是可疑，部分醫生可能只取1-2個點，一般是對于宮頸而言。陰道有時可能通過活檢鉗，取1-2個部位。外陰需根據情況而定，有時陰道鏡下行外陰活檢，部分醫生可能直接用活檢鉗取，此時較疼。因為宮頸相對神經較少，疼痛不明顯，外陰較敏感，刺激后較疼。所以注射局麻藥后用電環取，疼痛可能較輕。