女性停經兩個月發現已經處于妊娠狀態，是否進行終止妊娠因人而異，具體如下：1、異位妊娠：孕婦需及時到醫院進行檢查，檢查目的之一是通過超聲檢查除外異位妊娠，當宮外孕異位妊娠時，無論人工流產還是藥物流產，均沒有辦法達到終止妊娠的目的，反而異位妊娠的存在非常容易導致出現突破性的腹腔內大出血，嚴重時會導致失血性休克、危及生命。除通過超聲檢查外，還需要結合女性平時的月經周期、排卵大致日期、同房日期進行孕周核算；2、宮內妊娠：如果女性通過檢查發現懷孕7周以內的宮內孕，而且孕囊已經達到足夠大小，無論通過人工流產還是藥物流產，均能夠達到終止妊娠的目的。但是通過孕周核算，發現孕周已經大于7周，但是還在10周以內的宮內孕，通常需要選擇人工流產達到終止妊娠的目的。無論是藥物流產還是人工流產，均存在相對或絕對禁忌癥。當有炎癥存在，無論是盆腔炎、宮頸炎、陰道炎，通常先進行炎癥處理，當炎癥被基本上治愈后，才能選擇藥物或者人工手術方式終止妊娠。如果女性涉及到原發病，如肝腎功能損傷等，存在這些疾病時需要具體情況具體分析，選擇不同的終止妊娠方案。