先天性心臟瓣膜缺損的治療，主要是外科手術治療。無論是先天性的心內膜墊缺損，還是二尖瓣、三尖瓣、主動脈瓣等瓣膜缺損，都要進行心臟外科的手術治療。此外，若是出生的嬰兒，還要仔細觀察嬰兒的反應，如嬰兒身上是否有紫紺、母親喂奶時是否哭鬧。若嬰兒有類似現象，比如嬰兒哭鬧時發現嬰兒的口唇發紫，則可能是先天性心臟病。此時需要及時找兒科的心血管醫生評判，醫生會根據查體查看嬰兒是否有心臟雜音，通過心臟的B超查看先天性心臟病的病變部位，并給家長提出診療建議。