腦骨瘤也可認為是顱骨骨瘤，目前尚無研究證明導致顱骨骨瘤發生的原因，而對于腫瘤的病因，醫學上也尚無明確答案。目前認為可能是由于物理因素，如顱骨經過撞擊多年后出現骨瘤，也可能是由于食物因素、空氣質量因素以及基因改變等導致腫瘤的發生。腫瘤形成是人體內兩類基因互搏的結果，即促進腫瘤生長的原癌基因以及抑癌基因。原癌基因與抑癌基因正常情況下在體內呈平衡狀態，當原癌基因占上風而抑癌基因占下風時則可能會產生腫瘤，包括肺癌、胃癌、腦組織腫瘤以及顱骨骨瘤等。