皮脂腺囊腫較小時，可通過通暢皮脂腺導管的方式進行治療，如給予酸溶脂或面部清潔。若可清除皮脂腺導管的阻塞物，則可治愈皮脂腺囊腫。但若皮脂腺囊腫較大，如花生米樣大小，無法通過通暢導管的方法解決，則需采用局部手術切除，且需將囊膜完整切除，不易復發。 如果皮下囊腫發生感染，則不適合進行手術治療。要先控制感染，如已形成膿腫，要切開引流，待炎癥完全消退后再考慮手術治療。因炎癥時進行手術往往無法徹底清除，且易復發。故若懷疑皮脂腺囊腫發生惡變，應及早切除，通過病理檢查確診，術后可輔助一定的局部放療，達到根治效果。