三叉神經痛病因有多種，分為原發性和繼發性。原發性三叉神經痛目前醫學手段找不到具體原因，繼發性三叉神經痛原因有很多，認為為血管壓迫，因三叉神經和顱內后循環血管，比如椎動脈血管非常近，有研究發現當血管離神經很近時血管不停跳動，對神經造成脈沖式壓迫引起三叉神經痛的發生。如果在臨床上通過影像學手段做神經特殊影像能夠確定，這種血管因素引起三叉神經痛，可通過外科手術方法治療，從而解決病人痛苦。 其它原因也可引起三叉神經痛，比如三叉神經走行部位局部出現腫瘤壓迫性病變，可造成三叉神經痛。局部蛛網膜粘連，還有三叉神經走行部位出現神經炎癥，也可出現三叉神經痛癥狀。還有顱內炎癥，比如多發性硬化等也可能出現三叉神經痛。