月經結束還有褐色分泌物的原因如下：1、卵巢功能異常：引起月經異常，比如黃體功能不足，導致子宮內膜脫落不全，使得經期延長，雌激素水平不夠，使子宮內膜沒有完全修復，也會造成持續、少量陰道出血；2、宮頸病變：比如宮頸柱狀上皮異位、宮頸慢性炎癥、宮頸息肉等都會造成月經后少量的陰道出血；3、子宮內膜病變：比如子宮內膜息肉，會導致月經后出現褐色分泌物；4、子宮本身病變：比如子宮肌瘤、子宮肌腺癥等，會導致月經經期的延長；5、宮內節育器：體內有宮內節育器，有時在月經后也會有少量的咖色分泌物；6、剖腹產瘢痕憩室：女性做過剖腹產，剖腹產瘢痕憩室。