潰瘍性結腸炎，按照醫生的醫囑、跟隨醫生的指引治療最有效。因為潰瘍性結腸炎是比較復雜、難以治愈的慢性疾病，往往跟免疫功能的紊亂有關，所以很多病人難以達到治愈程度。對于藥物治療，有很多的選擇，最基本是可以用柳氮磺胺吡啶，也可以用5-氨基水楊酸、激素、免疫抑制劑、生物制劑等。針對不同程度和不同部位的潰瘍性結腸炎，還有發病次數進行藥物的選擇，而且其療程也不完全相同。有時可以用3個月，有時可以用到半年，有時甚至用到1年，才能再復查腸鏡。根據腸鏡的結果，才能調整藥物的治療方案。治療的目標最后是要達到鏡下愈合，即臨床上沒有癥狀并不代表疾病完全治愈。如果臨床沒有癥狀，感覺到沒有不舒服，就隨意停藥，很容易再復發。要達到內鏡下愈合，同時要達到組織學的愈合，即顯微鏡下觀察到完全長好，才算治愈。所以此復雜的過程一定要在醫生的指導下進行，不能自主停藥。