游離三碘甲狀腺原氨酸偏低的原因大概分為以下幾種：1、原發性的甲狀腺功能減退；2、由于其他的疾病，如心肌梗死、創傷應激等，出現代償性的甲狀腺功能減退，這種情況也會出現游離三碘甲狀腺原氨酸的降低；3、垂體功能不足也會出現游離三碘甲狀腺原氨酸降低，屬于比較少見的情況。在這當中最常見的就是原發性的甲狀腺功能減退，目前發病率逐漸升高。其主要的原因是一種自身免疫性疾病，稱之為慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，也叫橋本甲狀腺炎。這種疾病的發病機制目前不是特別清楚，主要表現是在查甲狀腺功能時會發現甲狀腺功能降低，甲狀腺素水平降低，游離三碘甲狀腺原氨酸降低，促甲狀腺激素出現負反饋性升高。其他表現是甲狀腺相關的自身免疫抗體，如甲狀腺過氧化物酶抗體或者甲狀腺微粒體抗體升高，有了這幾種實驗室表現后，醫生會診斷病人是原發性甲狀腺功能減退。對于這種疾病，通過定期觀察甲狀腺功能，一旦出現甲狀腺功能減退則需要口服甲狀腺激素，代償甲狀腺的水平。