臨床上碰到十幾年肛瘺自己愈合的情況較少，但確實存在。其有不復發可能，尤其愈合后，如果創面兩年以上不復發，則復發率可能會逐步減少。但部分人愈合后會復發，因局部愈合并不等于完全愈合。如外口愈合，外面皮膚不流膿、流血，也無分泌物，摸上去較平整，但其內存在竇道或瘺管，有時可能摸到硬硬的條索狀東西，甚至稍微壓仍會痛，這種肛瘺可能會復發。 對于無癥狀，且按壓不痛，B超做出未局部積液情況，這種復發概率相對較小。