甲減需要長期替代，通過長期替代治療可以逐漸使代謝恢復正常，雖然不要求短期內糾正，但是一定不能停藥。 左甲狀腺激素的初始劑量取決于甲減的嚴重程度、年齡及身體狀態，如果為年輕、無心血管及其它疾病的輕中度甲減患者，可以給予完全替代。如果伴有心臟病，尤其發生過心梗的患者，應從小劑量開始，隔2-3個月以后進行仔細的臨床和實驗室評估，再逐步加量，使T3、T4水平恢復正常。 繼發性甲減患者主要是下丘腦和垂體性甲減為主，主要補充甲狀腺激素和腎上腺激素。首先補充腎上腺皮質激素，下丘腦垂體和垂體甲減的患者，TSH不能作為監測替代治療療效的可靠指標。當FT4達正常范圍的中點之上，甲狀腺激素劑量及調整與原發性甲減相同。