面肌痙攣進行的微血管減壓手術是開顱手術，開顱手術常見的不良反應，微血管減壓手術都可能出現，包括一過性的發熱、頭痛、惡心、嘔吐、顱內積氣、傷口感染、皮下積液等。在較大的神經外科中心，目前手術的安全性已經比較高，患者出現不良反應的發生率較低，偶爾可能會出現并發癥，包括術側聽力下降、面癱、一過性的復視、聲音嘶啞、飲水嗆咳等。 面肌痙攣微血管減壓的手術，通常會采取在顯微鏡下或是內鏡下進行，放大數10倍的情況下，出現其他神經損傷及血管損傷的可能性較小，所以患者出現不良反應的可能也非常低。