長期使用抗生素對機體有危害，具體如下： 1、造成體內菌群失調，比如引起腹瀉、腸道微生物菌株改變； 2、長期使用抗生素也會造成身體里的二重感染，比如真菌感染，其中高危因素與長期、高效廣譜抗生素的使用有關； 3、長期使用抗生素還會造成細菌的耐藥性增加，在細菌和抗生素的作用過程中細菌的耐藥性更強，抗生素的研制步伐遠遠沒有跟上細菌的耐藥性。細菌的耐藥性多種多樣，長期使用抗生素會造成細菌產生膜的通透性改變，產生各種鈍化酶或者β-內酰胺酶，造成細菌產生主動外排的機制等抵抗抗生素。這樣就會造成抗生素的藥效發生改變，最終會造成無藥可用。