無痛腸鏡的麻醉基本上都是以靜脈全麻為主，危害其實沒有，但是有一定的并發癥。比如在整個麻醉過程中，患者要保留自主呼吸，部分患者如果比較肥胖，則有可能會有鼾癥、舌后墜等情況，會造成氧飽和度的下降，缺氧的情況。此時就需要給患者供氧，進行口咽通氣道或者是鼻咽通氣道來輔助呼吸，來保證手術順利進行。部分患者可能對麻醉藥物可能比較敏感，因為使用的靜脈藥物可能部分人會過敏，出現藥物不良反應，特別是用了異丙酚注射液、依托咪酯脂肪乳注射液等藥物，則可能會引起肌肉顫動、肌促等情況，此時也要及時觀察和處理。部分患者還可能會有惡心、嘔吐的情況，但是發生的幾率還是比較小。還有部分患者麻醉后，可能會對血壓、心率造成影響，可能會進行血壓的降低、心率變慢等，此時可以調整用藥，然后進行相應的處理，使用增加心率的藥物或者是提升血壓的藥物、血管活性藥，來保證手術順利進行。