小便腎疼最常見于輸尿管反流的病人，正常情況下輸尿管有抗反流機制，尿液只能從尿道排出，而不能通過輸尿管逆流引起腎積水，病人就不會出現排尿時腰痛的癥狀。當輸尿管抗反流機制損害后，如結核引起腎盂輸尿管末端和膀胱連接處，有反流現象時，就會出現排尿時尿液反流，導致腎臟積水加重，就會出現小便時腎疼的癥狀。病人在做輸尿管結石碎石手術后，由于碎石手術后通常會在腎盂和輸尿管之間放置輸尿管支架管。輸尿管支架管兩端分別在腎盂及膀胱，連接腎盂和膀胱。當膀胱壓力增加時，就會導致尿液反流到腎臟，就會引起腎臟疼痛。病人出現上述癥狀時，拔除輸尿管支架管，癥狀就會明顯好轉。