肛瘺可以治愈，但是肛瘺保守治療只能緩解癥狀，達不到根治目的。如果要想根治肛瘺，主要采取手術治療。肛瘺是肛腸科最常見的疾病，一旦確診為肛瘺，治療有效辦法就是手術。除此之外，還沒有任何保守療法可以達到完全治愈。單純性肛瘺，一般術后都可以一期愈合。而復雜性肛瘺，術后若未能徹底切除瘺管，未能徹底清除感染的壞死組織，則非常容易復發。有些復雜性肛瘺可能需要多次手術，一個復雜性肛瘺可以通過多次手術，讓其簡化為簡單肛瘺，再進行根治性手術切除，從而達到最終的肛瘺愈合。