肝癌標志物在臨床上廣泛應用的有甲胎蛋白、癌胚抗原、CA125三個指標。甲胎蛋白是原發的肝細胞肝癌重要評估指標，如果病人長期患有乙肝或長期酗酒，體檢時發現甲胎蛋白突然升高，同時通過CT、磁共振上發現新興的病灶，臨床上高度懷疑肝癌。癌胚抗原和CA125是肝內膽管細胞類型的惡性腫瘤的評估指標。而肝內膽管細胞癌與原發的肝癌是兩種不同類型的癌癥，雖然二者都發生在肝臟處，但膽管細胞癌的腫瘤標志物表現為癌胚抗原CA19-9、CA125的升高，在CT和核磁共振中也有不同于原發性肝細胞癌的表現。總之，通過腫瘤標志物發現重大異常之后，需要進行影像學檢查，必要時應進行肝細胞的穿刺活檢，根據穿刺活檢的結果選擇是否進行手術，而不能進行手術治療的病人可以進行化療等下一步治療。