陰莖短小是否影響生育，關鍵是看一個人能夠完成性生活。如果個體能夠完成正常同房，能夠在女方體內射精，精子質量又不太差，則不會影響生育。很多的陰莖短小只是患者的一種自我認識，自己覺得陰莖短小，但實際從臨床醫學的角度去評估并不小，故這些所謂的陰莖短小并不影響到生育。 如果個體的陰莖短小，不能夠和女方達到滿意的性生活，不能夠完成同房，就會影響到生育，因為完不成同房，則精子和卵子就不會結合，也不能形成胚胎，所以綜合而言如果僅僅是主觀上的陰莖短小，但能夠完成正常的同房，不會影響生育。如果陰莖短小導致不能完成正常同房，在一定程度上會影響到生育。