表皮葡萄球菌肺炎的病因是表皮葡萄球菌感染，表皮葡萄球菌是寄生于人皮膚的條件致病菌，通常不會引起發病，但在機體免疫功能低下狀態、皮膚出現破損等可引起發病。表皮葡萄球菌寄生部位改變后，可入血遷徙到肺部或被患者經口咽部吸入到肺部，都可以引起表皮葡萄球菌肺炎。另外，引起機體免疫力低下的情況包括感冒、著涼、長期臥床以及存在基礎疾病，比如慢性阻塞性肺疾病等慢性呼吸系統疾病，或者糖尿病、心腦血管病等。