腦神經紊亂其實在臨床上更多的是通過醫生的問診，和輔助的一些癥狀相關科室檢查，來排除一些器質性的疾病而得到確診。比如腦神經紊亂的一些患者，在臨床叫軀體化障礙或軀體化的形式障礙，或者神經癥等。這樣的患者常出現上腹部不適、打嗝，經常反復出現惡心、嘔吐，患者可能經過做胃鏡、腸鏡的檢查，沒有查到任何的病因，臨床上考慮該癥狀就是腦神經紊亂引起。有一些患者常會出現心慌、胸悶，去查心電圖、心臟超聲以及冠脈的CT等，都沒有發現心臟有任何病變。這樣的一些癥狀就是腦神經紊亂引起，而不是一些器質性的疾病。有一些患者還會表現為全身的疼痛、發麻，甚至手腳麻木等。排除了引起神經損傷或者脊髓損傷，沒有任何病變，臨床考慮這些癥狀也是腦神經紊亂引起，而不是器質性的疾病。所以該疾病的確診主要是要靠進行各個科相關癥狀器質性病因的排除，而確診是腦神經紊亂。