硼酸酒精抑菌液可以用來點耳，特別是為點耳設計的硼酸酒精滴耳液，一般是3%-4%濃度，應用于外耳道炎癥點耳。但是點耳治療有一個前提，即鼓膜沒有穿孔，而且外道沒有皮膚開放性損傷，才可以用硼酸酒精抑菌液點耳。目前硼酸酒精滴耳液大多數用于外耳道真菌感染，是應用最廣泛的適應證。真菌感染時用抗生素滴耳液，并不能抑制真菌生長，反而會由于潮濕導致真菌生長更旺盛，這時只能用硼酸酒精滴耳液進行治療。其應用禁忌有鼓膜穿孔、外耳道劃傷或開放性損傷，鼓膜穿孔可能使硼酸酒精進入中耳，引起明顯疼痛、眩暈。有外耳道劃傷或開放性損傷時，滴耳液滴進去也會有明顯疼痛。另外硼酸滴耳液也不能長期應用于外耳道慢性疾病治療，硼酸滴耳液里的酒精成分對外耳道皮膚會造成刺激，引起濕疹，可以短期應用于真菌治療，但最好不要長期點藥。