子宮癌疫苗嚴格應稱為HPV疫苗，即宮頸癌疫苗，因為HPV可能不會單純導致子宮癌，還有可能導致陰莖癌、喉癌等病變。和其它疫苗相同，注射HPV疫苗后會有一些副作用，常見的是注射部位局部出現紅腫、疼痛，部分患者會出現發熱、惡心、嘔吐及全身酸痛，有時也會出現過敏反應。 HPV在歐美國家已經使用十幾年，總體反應較好，很少會發生嚴重的副作用，所以注射HPV疫苗時無需過度焦慮。