肛瘺一般不影響性生活，因為肛瘺無太多癥狀，只是每天從肛門外口流膿，有時會有墜脹的癥狀。肛瘺不像肛周膿腫，肛周膿腫急性發作期會非常腫痛，有流膿或發燒，肛瘺癥狀并不明顯，一般不會影響性生活。 但是，如果肛瘺不治療，長期肛瘺可能會影響性功能。因為肛瘺癥狀很折磨人，包括墜脹、疼痛、莫名不適感，會影響人的體質、生理功能，而且會引起情緒煩躁，甚至引起焦慮癥、抑郁癥。肛瘺還有可能會癌變。因此一旦發現肛瘺，建議行手術治療，沒有必要拖延。如果肛瘺反復發作，是很令人煩惱的事情，而且有可能越來越重，越來越不好治療。