功能性消化不良的診斷標準為羅馬Ⅳ的診斷標準。 若患者具有中上腹部疼痛不適感、中上腹部燒灼感不適、餐后飽脹不適感、早飽不適，存在四項中的一項或多項癥狀。經臨床評估，不能解釋患者癥狀，且進行相關檢查沒有發現相應器質性疾病，如驗血常規、肝功能、腎功能、血糖、腫瘤指標、結核指標，做胃鏡、腸鏡、腹部彩超等均沒有發現器質性疾病。并且上述癥狀出現至少有6個月，才可以診斷患者是功能性消化不良。