藥物流產與人工流產的區別以及危害主要有以下幾點：1、方式不同：藥物流產采用服用藥物的方法來終止妊娠，而人工流產采用手術方式來終止妊娠；2、適宜人群不同：藥物流產主要針對停經49天以內，超聲下胎囊直徑＜2cm的早期妊娠女性，而人工流產主要針對停經10周，也就是70天以內的妊娠狀態來進行手術操作，所以人工流產比藥物流產的適用時間范圍更加寬泛；3、成功率不同：藥物流產的成功率大約在80%-90%，人工流產成功率則更高；4、對子宮損傷不同：藥物流產如果成功，對子宮損傷比人工流產要小，因為人工流產是一種手術操作，對子宮內膜損傷相對較大。具體選擇藥物流產還是人工流產，要根據女性懷孕時間、胎囊大小來決定。另外還要根據病人是否有藥物禁忌癥和過敏史進行判斷，采用藥物流產有一定失敗率，需要進行隨訪觀察。如果藥物流產失敗，還需要再進行清宮手術來進行宮腔搔刮，才能使胚胎排干凈。