治療腦梗死急性期唯一的特效藥物是溶栓藥，也就是阿替普酶或者是尿激酶，這些藥需要在發病4.5小時以內或者6小時以內，及時用在病人身上，用在沒有禁忌癥的病人，越早用效果越好，出血的風險也會越小。所以一旦發生腦卒中，需要盡快送往能夠完善顱腦CT檢查，并且要在能夠完成溶栓治療的醫院。在急性期過后，腦梗死的恢復主要依靠康復鍛煉，但腦梗死的病人往往容易復發，或者病情加重，這些是導致不良后果的主要原因。 即使是急性期過后，也需要長期的口服抗栓的藥物預防復發，對于腦血管狹窄的病人，需要長期口服的藥物是阿司匹林和氯吡格雷。如果是房顫或者心臟的瓣膜病變，則需要口服華法林或者新型的抗凝藥，比如達比加群酯或者利伐沙班，減少心臟的栓子脫落，導致腦栓塞的風險。無以上藥物禁忌癥的腦梗死病人，每日都必須應用。 另外有一些藥物作用于腦梗死的不同方面，比如他汀類的降脂藥，可以幫助穩定斑塊，促進缺血區改善供血，丁苯酞可以保護神經細胞的線粒體，改善腦代謝、腦循環。依達拉奉可以清除自由基，在疾病的早期減少腦梗死毒素對腦健康腦組織的影響。