臨床實踐中發現，不只注射流腦疫苗后會出現發熱，多數疫苗在注射后，患者都會出現發熱的表現。疫苗是經過減毒或者滅活的致病病原體，注射到身體后，會刺激身體免疫系統產生相應抗體，外在病原體進入身體后，身體免疫系統對病原體產生反應，進而殺滅病原體。雖然是減毒甚至是滅活疫苗，但免疫源性完全存在，進入身體后，身體認為屬于完整病原微生物，會對病原體進行免疫殺滅，殺滅過程中會產生能夠殺死病原體、細菌或病毒的細胞因子，或炎癥介質。細胞因子和炎癥介質具有雙刃劍的作用，既能夠殺死致病的病原體，也能夠促使身體的產熱系統得以激活，從而出現發燒的情況。但因為注射疫苗屬于無毒或滅活，通常不會導致疾病發生，因此身體免疫系統的激活時間不會很長，發熱通常在0.5-1天會痊愈，或程度相對較低。只有極個別患者敏感性較強，可出現類似過敏反應。因此，無論是流腦疫苗或其他疫苗，注射疫苗后出現一過性發熱，若高熱體溫較低，則無需進行特殊干預及治療。