腦膜炎奈瑟菌是原核細胞，是一群革蘭氏染色陰性的雙球菌，是β-變形菌類的一屬無芽孢、無鞭毛、有菌毛、專性需氧、氧化酶陽性的細菌。奈瑟菌是呈球形、成對排列，形似咖啡豆的革蘭氏陰性球菌，通常位于中性粒細胞之內，而在慢性淋病發生時常在細胞外，所以腦膜炎奈瑟菌屬于細菌，細菌屬于原核生物，原核生物除細菌外，還有支原體、衣原體、立克次氏體、放線體等。原核生物是由原核細胞組成的生物，真核細胞組成的是真核生物。真核細胞和原核細胞的區別，就是真核細胞中是有核膜包被的成型的細胞核，而原核細胞中沒有核膜包被的細胞核，只在核區有一個裸露的DNA，也沒有與蛋白相結合形成的染色質，細胞質內除核糖體以外，沒有其它細胞器。細菌的結構有細胞膜、細胞質和細胞壁，這是所有細菌的共同結構，但是有些細菌有特殊的結構，如芽孢、鞭毛、菌毛等，這些與致病性有一定的關系。