唾液腺囊腫可在抽盡囊液后，向囊腔內注入2%碘酊0.2-0.5ml，停留2-3分再將碘酊抽出，其目的是破壞上皮細胞，使其失去分泌功能而不再形成囊腫。小唾液腺黏液腺囊腫通常在局部浸潤麻醉下，縱向切開黏膜，在黏膜下，囊壁外面鈍性、銳性分離囊壁，取出囊腫，周圍腺組織應盡量減少損傷，和囊腫相連的腺體應與囊腫一并切除，以防復發。 反復損傷的黏液腺囊腫可形成瘢痕，并與囊壁相粘連，不易分離，此類病例可在囊腫兩側做梭形切口，將瘢痕、囊腫及其鄰近組織一并切除，直接縫合創口，切除術后多次復發，可在切除囊腫后手術創面用二氧化碳激光處理。舌下腺囊腫的治療方法是切除舌下腺和囊腫。