藥物流產的成功率能夠達到90%，但仍有10%會出現藥物性流產失敗，包括孕囊未排出、藥流不全，或藥流之后出血的時間過長、出血量過多等。因為藥物性流產所使用的藥物，通常需要殺死孕囊，使孕囊失去活性，并且與子宮內膜間的關系也會被切斷，再使用促進子宮收縮的藥物，使孕囊排出。但通常會受多種因素影響，包括患者自身對藥物不敏感，還有使用后患者子宮收縮不夠、子宮收縮不強烈，導致無法徹底排出孕囊。還有就是自身因素的影響，對藥物不敏感或對殺胚藥物不敏感，沒有徹底殺死孕囊，均會造成流產失敗。流產失敗之后，需及時加用清宮術，將孕囊與子宮內整體子宮內膜清理出來，才屬于完整的流產手術。