出現支原體感染即支原體陽性時，通常使用抗生素進行治療。在有藥敏結果的情況下，通常根據藥敏結果來選擇抗生素。如果沒有藥敏結果情況下，通常根據經驗選擇抗生素，一般推薦使用大環內酯類的抗生素，比如常用的阿奇霉素。目前對于支原體陽性是否一定要治療有一定爭議，如果是生殖支原體陽性，通常建議治療。如果是解脲支原體陽性并且伴有癥狀，也建議治療。但是如果解脲支原體陽性沒有癥狀，是否治療目前具有爭議。而對于人型支原體陽性，如果沒有癥狀，通常不需要進行治療。