九價疫苗的副作用較少，多數患者無任何的臨床不適反應，甚至在注射疫苗局部無任何痕跡。通常就短期而言部分患者出現癥狀如下：1、局部癥狀：注射九價疫苗后，部分患者在注射局部可形成紅疹、硬結，可伴有輕微壓痛；2、全身癥狀：部分患者注射九價疫苗后，可出現全身癥狀，如發熱、寒戰、全身皮疹等副作用，但多數給予患者對癥處理后，并不會給患者造成嚴重的不良影響。截止到目前為止，九價疫苗是能夠涵蓋針對較多高危亞型的人乳頭瘤病毒疫苗，但并非意味著注射九價疫苗后就可以放棄宮頸癌篩查。九價疫苗依然無法阻止所有宮頸癌前病變及癌變發生。九價疫苗研發的時間較短，有效觀察時間有限，關于其副作用或遠期是否可能會造成不良影響等目前還是未知領域。