普通胃鏡和無痛胃鏡各有利弊。普通胃鏡是應用局部咽喉部麻醉劑，不用全身麻醉劑，而無痛胃鏡是需靜脈應用全身麻醉劑，故普通胃鏡不存在麻醉風險，但檢查過程中可能有較大痛苦、惡心、嘔吐反應，且會進一步影響到醫生對胃黏膜的觀察。 無痛胃鏡是采用全麻方式，病人會處于睡著狀態，沒有感覺，等到做完胃鏡之后麻藥作用停止，病人就會逐步清醒，除少數高齡、心肺功能差的病人不適合做無痛胃鏡外，其它人群做無痛胃鏡都比較安全，但有一定的潛在麻醉意外。通常醫生會在胃鏡檢查之前對病人進行全面評估，根據病人身體情況以及需求進行具體選擇。