冷凍胚胎移植需內膜在有接受性情況下才可移植胚胎。對于不同女性內膜準備方案不同，如月經正常女性可正常排卵，則可選擇自然周期胚胎移植；而月經不正常的患者，無合適排卵時間，則無法確定內膜接受胚胎的時間，因此會給患者進行人工周期，又稱激素替代周期內膜準備進行胚胎移植；此外也可進行促排卵周期的內膜來準備，此為內膜準備的三個方案。 三種方案經過大數據比較，移植胚胎后懷孕幾率相同。因此對于月經正常的患者而言，建議選擇自然周期冷凍胚胎移植，符合其生理狀態。且也有研究提示自然周期胚胎移植懷孕后，并發癥如先兆子癇的發生率比人工周期低，故建議進行自然周期胚胎移植。而對于特殊要求，無時間或月經不規律的患者，也可考慮做替代周期或促排卵周期。