大部分咽旁囊腫是由于慢性咽炎刺激而產生分泌物，使患者局部黏膜較松弛，導致分泌物在局部潴留而形成咽旁囊腫。小的咽旁囊腫可能無任何癥狀，隨囊腫逐漸長大，患者可能出現咽部異物感、不適感、哽噎感等癥狀。對于小咽旁囊腫且無任何癥狀的患者，可以不進行處理，在近期隨訪觀察中、小咽旁囊腫引起癥狀后，可以進行手術切除。由于咽旁囊腫患者存在易復發傾向，因此切除咽旁囊腫后，需對患者進行密切隨訪，特別是在患者術后3-6個月內進行隨訪。如果患者出現復發傾向，需及時處理。一般對于咽旁囊腫診斷，需根據咽旁囊腫患者的癥狀，再通過對咽旁囊腫患者的局部檢查，可以觀察到咽旁部有黃色、透明的新生物，再根據醫生以往的經驗等方面初步判斷是否為咽旁囊腫。如果患者進行咽旁囊腫的確定診斷，需將咽部新生物進行切除送病理，由病理科制作成病理切片，通過在顯微鏡下觀察咽旁囊腫細胞排列，才能確定患者是不是患有咽旁囊腫。