腦膜炎最嚴重的后果就是死亡，比如細菌性的化膿性腦膜炎如果沒有及時治療，病死率非常高。如果是隱球菌腦膜炎，這種真菌感染的腦膜炎可能會出現永久的視力失明，嚴重的時候也會出現死亡。其它的后遺癥，比如腦膜粘連影響了神經時可能會影響吞咽、構音，甚至面部的肌肉活動而出現面癱的情況，還可能會引起眼球活動的異常。 另外，腦膜炎導致腦脊液循環障礙可能會出現梗阻性的積水，就是腦積水。對于病毒性腦炎，在自身抵抗力比較強的情況下，部分患者甚至不需要用藥物治療就可以自愈。所以腦膜炎的后遺癥狀，與致病菌以及自身的抵抗力情況密切相關。