激光祛除黑痣比較安全，因為適合應用激光祛除的通常病變較小、較淺。但是，不正當的祛除方法也會造成相應的副作用，比如出現色素沉著。另外，激光去完黑痣以后，病變的基底是小創面，如果沒有進行正常的保護可能會遺留色素的沉著，所以激光祛黑痣多在秋冬季進行，以避免紫外線的強的照射。 還有就是激光祛除黑痣的副作用跟術后的護理有很大的關系，做完激光以后一定要保持局部的清潔、干燥，不要沾水，以免局部感染。如果局部感染加重，可能會遺留局部的瘢痕。另外，激光祛除黑痣的副作用還有術后的復發，如果黑痣生長得比較深，可能會出現激光祛除黑痣以后復發的現象。