男童尿路感染一般都是由于包皮炎所致，很多男童在青春期之前由于發育問題，包皮不能夠完全下翻，所以可能存在生理性包莖。平時可能家長沒有叮囑男童，在洗澡或排尿時盡量下翻包皮，容易在尿道的包皮和龜頭之間形成大量包皮垢。包皮垢的成分包括尿堿、尿漬、包皮和龜頭表面的皮脂腺脫落物，還會有細胞也會脫落，都混在一起就形成包皮垢。包皮垢里藏污納垢，可能有大腸桿菌、金黃色葡萄球菌，就會刺激包皮龜頭的皮膚造成癢感，還由于整個龜頭被包皮包著，里面的細菌也容易沿著尿道外口入侵，形成男童尿道感染。因此，男童尿道感染通常都是包皮龜頭炎引發的逆行尿路感染。由于男童年齡小，這時不推薦吃喹諾酮類抗生素，如果沒有青霉素和頭孢類過敏史，一般推薦按照體重計算頭孢類抗生素的劑量進行抗菌治療。