小孩咽峽炎大多數為病毒感染引起，所服用的藥物主要為對癥處理藥物，由于大多數病毒并沒有特效抗病毒藥物，以對癥支持治療為主。如果咽峽炎小孩出現發燒，如果為低熱，精神狀態較好，可以先物理降溫或觀察，半小時后進行體溫復測。如果為高熱，除物理降溫外也可以酌情選用藥物降溫，小孩常用退燒藥物包括布洛芬、對乙酰氨基酚。布洛芬適用于6個月以上的小孩及成人，對乙酰氨基酚適用于3個月以上的小孩及成人。如果為蠶豆病的小孩建議使用布洛芬退燒，不建議使用對乙酰氨基酚退燒。在1次發熱病程中建議盡量選用同一種退燒藥，非必要時不要布洛芬和對乙酰氨基酚交替使用，以免增加藥物副作用。咽峽炎如果同時合并咽喉腫痛，也可以使用清熱利咽噴劑，從而緩解咽喉腫痛的癥狀。