甲狀腺的疾病跟自身免疫有很大的關系，但并非免疫力低下或者抵抗力低下，而是因為自身免疫紊亂、識別功能有異常。對于甲狀腺的識別就會有問題，如亞急性甲狀腺炎，感冒以后抗體沉積在甲狀腺上，會造成甲狀腺組織破壞，引起甲減或者甲亢。但是亞急性甲狀腺炎是一過性的，多數患者最終甲狀腺功能可以恢復正常。甲狀腺的疾病如果除外結節、甲狀腺癌，多數主要還是跟自身免疫有很大關系。如果自身免疫有問題，會出現較多的甲狀腺疾病，而且甲狀腺自身免疫疾病同時也經常會跟其他自身免疫相關疾病，包括1型糖尿病、狼瘡，都會同步存在。此外，也會有一些垂體疾病會影響甲狀腺，但相比較而言，甲狀腺疾病的主要病因還是跟免疫有很大關系。